Флаг города Ейск Краснодарского края представляет собой прямоугольное белое полотнище с отношением ширины к длине 2:3 воспроизводит фигуры герба: пролегающую наискось волнистую голубую полосу шириной в 4/15 ширины полотнища, верхней границей полоса упирается в верхний угол полотнища у древка, нижняя в противоположный угол; на полосе изображена желтая, с красными глазами и плавниками, стерлядь.

Обоснование символики: 
За основу герба муниципального образования город Ейск взят исторический проект герба портового города Ейска, разработанный во второй половине XIX века. 
Голубая перевязь и стерлядь символизируют Ейск как приморский город, один из центров рыболовства и переработки рыбы на Азовском море. 
Флаг составлен на основе герба города. 
Серебро - символ простоты, совершенства, мира, взаимопонимания. 
Золото - символ уважения, богатства, постоянства, интеллекта. 
Лазурь (синий, голубой) - символ чести, славы, преданности, истины, красоты, добродетели и чистого неба.