Флаг города Елабуга создан с учётом герба района, за основу которого взят исторический герб города Елабуга Вятского Наместничества,
Высочайше утвержденный 28 мая 1781 года, подлинное описание которого гласит: «В верхней части щита герб Вятский: в золотом поле, из облака выходящая рука, держащая натянутый лук со стрелою, а над ней в верхней части щита крест красный. В нижней – в серебряном поле, сидящий на пне дятел, долбящий оный, ибо там множество сего рода птиц». Использование исторического герба для района подчёркивает взаимосвязь города и района и подчёркивает древность Елабужской земли, её богатство традиций.
Главная фигура флага – дятел традиционный символ, трудолюбия, неутомимости, упорства.
Жёлтый цвет (золото) символизирует прочность, великодушие, богатство, урожай.
Белый цвет (серебро) в геральдике символизирует чистоту, благородство, мир, взаимосотрудничество.
Черный цвет в геральдике символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность.