Флаг Алтуфьево представляет золотое полотнище, разделенное красной перевязью, сопровождаемое слева сверху красным солнцем и справа снизу зеленым ростком.
Красная перевязь флага Алтуфьево символизирует Алтуфьевское шоссе. Зеленый росток - сельскохозяйственное прошлое района, где в 1920 годах располагались пахотные земли колхоза "Красная Нива". Красное солнце в золотом поле - символ огнеопасных и высокоэнергетических производств. На территории района расположен Научно-ссследовательский и конструкторский институт монтажной технологии (НИКИМТ), образованный в 1956 году. Институт выполняет работы, связанные со строительством и эксплуатацией ядерных объектов.
Первое упоминание о небольшом подмосковном селе Олтуфьево (старорусская орфография) встречается в писцовой книге 1585 года. Во времена царствования Федора Иоанновича деревня принадлежала ключнику Хлебенного двора Н.Д. Мя- кишеву. Поселение, выросшее на берегах чистой речушки, жило размеренной жизнью: охота, земледелие, нехитрый быт. Так продолжалось до наступления Смутного времени. В начале XVII века Алтуфьево было разграблено и сожжено, превратилось в пустошь. Восстанавливали его сначала «служивые московские люди» братья Акинфовы, затем князь Степан Куракин, купивший село в 1786 году. Блестящий генерал, освободивший Оренбург от Пугачева, он принимал у себя И.А. Крылова, Д.И. Фонвизина, художника Ф.С. Рокотова. При нем Алтуфьево стало зажиточным. Но в 1812 году село разорили французские солдаты...
Шло время, Алтуфьево отстраивалось заново, менялись владельцы. В 1888 году имение перешло к Г.М. Лианозову. Желая выгодно вложить капитал, он выстроил рядом со своим поместьем дачный поселок, получивший его имя. Городские справочники и полицейские архивы того времени рисуют владельца Алтуфьево-Лианозово умелым, рачительным хозяином.
Еще с 1890 года в Алтуфьеве строились небольшие кирпичные заводы, в советское время их объединили в 1-й Бескудниковский комбинат строительных материалов и конструкций, реконструировали, расширили.
В 1956 году на базе нескольких предприятий был образован Научно-исследовательский и конструкторский институт монтажной технологии.
Современное Алтуфьевское шоссе получило свое название от дороги, соединяющей Москву и село Алтуфьево. До 1991 года по Алтуфьевскому шоссе проходила граница между Тимирязевским и Кировским районами Москвы.
Алтуфьево вошло в черту Москвы в 1960 году. Тогда же на его территории началось строительство жилого массива «Бескудниково-2». С 1975 года застраивался микрорайон «Бибирево-10». В 1991 году был образован муниципальный округ «Алтуфьевский», а затем Алтуфьевский район, в состав которого вошли микрорайоны «Бескудниково-2» и «Бибирево-10».