Флаг района Богородское представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3. В голубом полотнище флага помещено прилегающее к его нижнему краю изображение белого, куполообразно-выгнутого стропила. Над изображением стропила помещено изображение желтой геральдической розы.
Золотая роза, являясь геральдическим символом Девы Марии (Богородицы), символизирует древнее название поселения XIV-XV веков, располагавшегося на месте муниципального образования. По одной из версий, это название отождествлялось с сельцом Богородским, упомянутым в 1443 году в завещании княжны Елены Ольгердовны, вдовы князя Серпуховского и Боровского Владимира Андреевича Храброго. Серебряное стропило флага района Богородское символизирует находящийся на территории муниципального образования памятник московской архитектуры - церковь Спаса Преображения.
Около 65% территории района располагается в уникальном зеленом массиве - Государственном природном национальном парке «Лосиный остров». Первые письменные сведения о поселении, которое находилось на территории нынешнего Богородского, относятся к XVI веку. В переписной книге за 1550 год оно числится за князем Иваном Лыково- Оболенским и названо: «Алымово»; в наше время об этом напоминают улица, переулок и проезд с таким названием. В 1979 году в районе Богородском, на берегу Яузы, велись раскопки и был обнаружен культурный слой с красной керамикой, характерной для XIV века. Это дает археологам основание утверждать, что поселение существовало здесь еще за полтора - два века до упоминания в переписной книге.
В 1680 году близ Алымова возвели часовню в честь Успения Святой Богородицы. Вероятно, с тех пор и закрепилось за селом новое название - «Богородское». На протяжении веков село несколько раз меняло владельцев, но долее всех его «хозяином» оставался кремлевский Чудов монастырь.
Вторая половина XIX века для Богородского, как и для большинства земель тогдашнего Подмосковья, стала временем дачного строительства. Здесь в разное время отдыхали и работали композиторы П.И.Чайковский, А.П.Бородин, М.А.Балакирев, художник И.И.Шишкин, писатели А.П.Чехов и В.В.Вересаев, другие деятели искусства, ценившие эти живописные места.
В черту Москвы Богородское вошло еще в 1879 году. С Москвой оно было связано маршрутом конки. Тогда же началось интенсивное возведение здесь каменных домов. Ныне это район с развитой инфраструктурой и хорошими экологическими условиями. Основными его магистралями являются улицы Ивантеевская, Краснобогатырская, Бойцовая, Игральная, Просторная, Открытое шоссе и бульвар Маршала Рокоссовского. На стыке улиц Краснобогатырской и Миллионной возвышается уникальный памятник храмового искусства - церковь Спаса Преображения.