Флаг района Нагатинский затон представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3. Полотнище разделено волнообразной линией из нижнего угла, прилегающего к древку. Часть полотнища, прилегающая к древку, состоит из пурпурного треугольника с волнообразным основанием и примыкающей к нему белой волнообразной полосы. Часть полотнища, противоположная древку, - зеленая. В пурпурном треугольнике помещено изображение белого городища - три древних жилища, огороженных пятиугольным частоколом с открытыми воротами. В зеленой части полотнища помещено изображение перекрещенных серебряных молота прямо, древнего речного якоря, современного речного якоря.
   Зеленое поле символизирует обилие зеленых насаждений в современной застройке местности, наличие паркового массива и близость музея-заповедника “Коломенское”. Пурпурное поле символизирует неразрывную историческую связь территории Нагатинского затона с селом Коломенским и пребыванием в этой местности великих князей и царей российских, начиная с XIV века: Ивана Калиты, Ивана Грозного, Алексея Михайловича, Петра I, Екатерины II и Елизаветы Петровны. Волнообразная серебряная перевязь символизирует расположение муниципального образования по обе стороны Москвы-реки. Древнее городище символизирует существование в данной местности древнего поселения - Дьякова городища, уникального явления местной первобытной культуры. Два скрещенных якоря и молот серебряного цвета символизируют находящиеся в Нагатинском затоне Московский судостроительный и судоремонтный завод, Академию водного транспорта и Южный речного вокзал.
   Район Нагатинский Затон расположен на правом берегу Москвы-реки и с трех сторон, как полуос­тров, окружен ее излучиной. Район граничит с музеем-заповедником «Коломенское», что создает до­полнительные условия для благополучной экологии.
   На месте нынешних городских кварталов в про­шлом находились хорошо известные в истории Госу­дарства Российского подмосковные сёла: Коломен­ское, Нагатино, Новинки. Издавна была заселена и местность, прилегающая к селу Коломенскому. Высо­кий холмистый берег Москвы-реки был выбран для поселений еще на заре нашей эры: здесь существовало открытое археологами в XX веке Дьяково городите.
   Название села «Нагатино» связывают с тем, что в этой низменной пойме Москвы-реки, затопляемой в половодье, дороги были расположены «на гати», т.е. на настиле из бревен для проезда и прохода по топи. О Нагатинской заводи в письменных источниках упоминается с 1410 года. В Нагатине и поныне су­ществует «заводь» (или затон) - бухта, залив со спокойной, стоячей водой. В 1936 году здесь был основан Московский судостроительный и судо­ремонтный завод; к сегодняшнему дню он построил уже более 1800 теплоходов.
   Расположение завода на территории, вокруг ко­торой много озер, создало предпосылки для образо­вания учебных заведений - профессионально-техни­ческого училища, речного техникума, Института вод­ного транспорта. В 1993 году все эти учреждения были объединены в Московскую государственную академию водного транспорта.
   В 1960 году подмосковные сёла Нагатино, Коло­менское, Новинки вошли в черту Москвы, и в конце 60-х годов эта территория стала огромной строитель­ной площадкой. На месте сносимых деревянных до­миков, садов и огородов выросли кварталы много­этажных зданий. Архитектурное решение застройки жилых корпусов со стороны реки Москвы - в виде домов, стилизованных под паруса, - создает совре­менный фасад района.
   К территории района Нагатинский Затон относится крупный зеленый массив, расположенный на полуост­рове севернее жилых массивов, - Нагатинская пойма. Это часть дна речной долины, затопляемая только в половодье. В конце 1960-х годов Нагатинскую пойму полностью реконструировали, в результате чего обра­зовался остров площадью свыше 150 гектаров, разде­ленный Нагатинским мостом. На острове был заложен парк. В 1985 году на пойме построен Южный речной вокзал. Это вторые «речные ворота» Москвы (после Северного речного вокзала).