Флаг Инженерных войск учрежден приказом Министра обороны Российской Федерации от 30 апреля 2005 г.

Флаг Инженерных войск РФ представляет собой четырехконечный крест белого цвета с расширяющимися концами креста с красно-черно-красными углами. В центре полотнища - изображение отвала путепрокладчика, якоря, пылающей гренады с молниями и перекрещенных топоров в обрамлении шестерни.

Отношение ширины флага к его длине - 2:3.