Флаг соединений и воинских частей ядерного обеспечения учрежден приказом Министра обороны РФ от 14 февраля 2006 г.

Флаг соединений и воинских частей ядерного обеспечения представляет четырехконечный крест белого цвета с расширяющимися концами и с равноразделенными между концами креста оранжево-черно-оранжевыми лучами. В центре полотнища - изображение трех серебряных пересекающихся стилизованных орбит с электронами.

Отношение ширины флага к его длине 2:3.