Утвержден решением Совета депутатов города Аппатиты 25 июня 2013 года.
Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, составленное из 4-х равных прямоугольных частей красного и желтого цвета вверху и желтого и голубого цвета внизу. В середине красной части полотнища изображены желтым и оранжевым цветом головка колоса поверх солнца; в середине голубой части полотнища - изображены перекрещенные горняцкие молотки голубого цвета поверх раскрытой книги изображенной желтым и оранжевым цветом. В центре полотнища изображена белая восьмиугольная звезда с попеременными не доходящими до краев полотнища длинными прямыми и короткими косыми лучами, (все фигуры из герба города Апатиты).
Обоснование символики:
Флаг города Апатиты составлен на основе герба города Апатиты 1973 г.
Символика современного герба города Апатиты раскрывает его прошлое и настоящее.
Серебряная звезда в виде "Розы ветров" - символ первооткрывателей и романтиков, геологов и туристов, характеризует молодой город Апатиты как город находящийся все время в пути, в развитии, в поиске. Серебряная (белая) звезда своим цветом визуально указывает на название реки, на берегах которой расположен город, а также то, что город расположен близко к Заполярью, в северных широтах.
Город расположен (до 1966 г. - поселок) на Кольском полуострове между озером Имандра (на гербе символически представлено лазоревым квадратом) и горным массивом Хибины (красный квадрат) на левом берегу реки Белая. Поселок возник в 1935 году в связи с открытием и разработкой Хибинских месторождений апатито-нефелиновых руд (золотые квадраты поля герба).
Город Апатиты географически расположен недалеко от Полярного круга, где долгую полярную ночь сменяет короткое, долгожданное лето. Потому в жизни города большое значение имеет Солнце. Солнце на гербе города - символ его процветания и светлого будущего.
Колосок, поверх солнца, символически отражает то, что город Апатиты исторически является сельскохозяйственным центром Мурманской области. На территории городского округа развиваются такие направления как птицеводство и животноводство. На территории муниципального образования расположена Полярная опытная станция Всесоюзного института растениеводства им. Н.И. Вавилова.
Большой вклад в развитие всего Кольского полуострова и в том числе города Апатиты внес академик А.Е. Ферсман ученик великого русского ученого Вернадского. Александр Евгеньевич был выдающимся минералогом, геохимиком и крупным организатором советской науки. Единственный памятник А.Е. Ферсману в России установлен в 1980-годы в Апатитах. А рядом с памятником находится единственный в России "Геологический парк", где монолитные глыбы представляют основные минералы Хибинских гор. Все это символически отражено в гербе города перекрещенными геологическими молотками. Молотки также отражают и все промышленные предприятия города.
Раскрытая книга - символизирует научный потенциал города, являющегося научным центром Мурманской области. В городе расположен Кольский научный центр Российской Академии наук, в состав которого входят 9 научно-исследовательских институтов.
Червлень (красный цвет) - символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника.
Золото - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Лазурь - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Серебро - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.