Город Бабаево основан в 1902 году одновременно со станцией Бабаево, во время строительства по указу Николая II новой железной дороги изПетербурга в Вятку через Тихвин и Вологду. Движение поездов на всем протяжении пути Санкт-Петербург — Вологда — Вятка открылось 1 января 1906 года. Составной частью современного города является бывшая деревня Никольский завод, основанная в 1822 году в связи со строительством металлургического завода, который производил телеграфные провода, гвозди и крюки. Посёлок станции Бабаево и деревня Никольский завод, постепенно развиваясь, сливаются между собой и образуют единый населённый пункт, который 29 июня 1925 года получает статус города в соответствии с Постановлением Президиума Верховного Совета СССР

Как известно, город Бабаево получил свое название от железнодорожной станции Бабаево, а та в свою очередь от деревни Бабаево, которая и до сих пор существует рядом с городом. Якобы, по преданию, деревню эту основал еще в 1460 году некий Бабай. Так это или не так, но тайна сия покрыта мраком времени. Однако не лишним будет сказать, что генетически слово «бабай» может восходить к тюркским языкам, где употреблялось в значении «старик», «мудрый человек», «старейшина». А татаро-монгольское иго распространялось и на территорию, где сейчас доживает свой долгий век деревня Бабаево. Может быть, по той же причине возникли населенные пункты с названием Бабаево в Башкортостане, Владимирской, Волгоградской, Калужской, Костромской, Псковской, Московской, Тверской, Ярославской областях. А может быть, и потому появлялись населенные пункты с такими названиями по всей, можно сказать, Руси, что в старо прежние времена достаточно широко употреблялось древнерусское мужское имя Бабай. А еще в северных говорах ранее существовало понятие «бабай», как фантастического существа, которым часто пугали расшалившихся детей: «Бабай придет, и тебя заберет, если не утихомиришься».

Но есть и еще одна версия, которую предложил местный писатель-краевед Ю.К. Епифанов. Раньше, и в глубокие древние времена, по Колпи сплавляли лес. А чтобы плоты шли строго по течению реки ими управляли с помощью весел, которые крепились в носовой и задней части плота. Назывались эти весла в те времена «бабайки». Именно от названия этих весел достоверно известно, что получил свое название Николо-Бабаевский монастырь, что был основан недалеко от Костромы. Ибо первые монашеские кельи, как писал в своем труде Семенов-Тяньшанский, были построены именно из весел-бабаек, которые плотогоны бросали на берегу уже за ненадобностью, выгрузив туда и строевой лес. Ведь эти весла-бабайки легче было вытесать на месте начала сплава, чем везти их обратно. Вполне вероятно, что весла-бабайки и делались на месте нынешней деревни Бабаево. Потому и деревню назвали так – Бабаево. Почему монастырь, спрашивается, можно было назвать, отталкиваясь от весел-бабаек, а деревню, где их делали, - нет! Красивая версия, не правда ли?! Кстати, напомним, что лес из р. Колпь шел в р. Суда, а она впадала в Шексну, до появления Рыбинского водохранилища, из нее – в Волгу, на берегах которой и стояла древняя Кострома.

Ну, а какую версию брать за основу, вольно каждому выбирать самому. Или поискать свое обоснование. Но достоверно можно сказать, что селение Бабаево упоминается в писцовых книгах за 1545 и 1678 годы (Новгородские писцовые книги: Книги Бежецкой пятины XVI в. Санкт-Петербург, 1910 г.; Список с писцовой книги Белозерского уезда 1678 г. – Центральный госархив древних актов, ф. 1209, к. 12758, л. 133).