Флаг города Батайск Ростовской области представляет собой пpямоугольное голубое полотнище с отношением шиpины к длине 2:3, вдоль нижнего кpая изобpажена зелёная полоса в 3/10 шиpины полотнища, посеpедине зелёной полосы - гоpизонтальная волнистая полоса в 1/15 шиpины полотнища, в свою очеpедь состоящая из тpёх одинаковых пpодольных полос: белой, синей и белой; в голубой части полотнища вплотную к зелёной полосе - жёлтая каменная аpка с сидящим на ней оpлом.

Обоснование символики: 
Флаг разработан на основе герба города, фигуры которого в аллегорической форме символизируют название города и его географическое положение. 
Начало заселения современной территории города относится к периоду Азовских походов Петра I, официальным же годом основания Батайска (прежде - слободы) считается 1769 г. 
Мощным толчком в социально-культурном развитии Батайска стало строительство железной дороги. Современный город Батайск расположен на месте пересечения древних торговых путей. Издревле это место считалось Воротами Кавказа, что символизирует арка с орлом. Скульптура орла, выполненная в XVIII в. А.М. Опекушиным и установленная в Пятигорске, стала впоследствии символом Кавказа. 
В нижней части флага отражено название города, изображённое в иносказательной форме. В переводе с тюркского "Ба-Тай-Су" - влажная низина с ручьём (рекой). 
Жёлтый цвет (золото) - символ постоянства, богатства, великодушия. 
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. 
Голубой цвет - символ чести, благородства, духовности. 
Зелёный - символ природы, здоровья, жизненного роста.