Флаг города Бердск Новосибирской области представляет собой прямоугольное полотнище, разделенное по диагонали на зеленое и белое поле выходящей из правого верхнего угла в левый нижний угол полотнища синей волнистой полосой, окаймленной сверху тонкой белой полосой и соединенной с выходящей из правого нижнего угла синей, диагональной, узкой волнистой полосой. Внизу флага, в треугольнике, образованном волнистыми полосами изображен черный острог с палисадом и одной двухъярусной башней с белыми закрытыми воротами. Отношение ширины флага к его длине 2:3.

Обоснование символики: 
За основу флага взят герб города Бердска, утвержденный решением Совета депутатов муниципального образования города Бердска от 27.03.2003 № 47. 
Символика флага, как и герба, основана на использовании традиционных для Сибири цветов: зеленого и белого. 
Зеленый цвет символизирует тайгу, надежду, изобилие, здоровье и свободу. Белый цвет символизирует снег, чистоту, преданность и мудрость. 
Широкая синяя волнистая полоса символизирует реку Обь, узкая полоса – реку Бердь, у слияния которых в 1716 году был заложен острог, изображение которого дается на флаге. Острог символизирует историческую преемственность, бережное отношение и сохранение жителями города из поколения в поколение своих традиций, культуры, обычаев.