Флаг города Благовещенск республики Башкортостан представляет собой прямоугольное синее полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, в центре которого летящий к древку голубь белого цвета, держащий в клюве желтого цвета оливковую ветвь желтого цвета с листьями зеленого цвета.

Обоснование символики 
Флаг создан на основе герба города. 
История города Благовещенска связана с основанием и строительством в 1756 году медеплавильной фабрики. В этом же году в день христианского праздника Благовещения была заложена одноименная церковь, что и определило впоследствии название поселка, позднее ставшего городом Благовещенском. 
Эти исторические события легли в основу создания герба. 
Центральным элементом герба является голубь, держащий в золотом клюве оливковую ветвь с зелеными листьями – символ благой вести, мира и процветания. 
Лазоревый цвет повторяет синий цвет Государственного флага Республики Башкортостан и выбран в качестве цвета поля герба в знак территориальной принадлежности к республике, символизирует ясность, добродетель и чистоту помыслов. 
Кроме того, и центральный элемент герба города – голубь, и лазоревый цвет поля герба повторяют мотивы герба Благовещенского района, на территории которого расположен город Благовещенск. 
Серебро символизирует благую весть дня Благовещения, рождение нового, чистого и благородного. 
Золото – это символ богатства, ценности, прочности и процветания.