Флаг города Ельня Смоленской области представляет собой прямоугольное белое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение трех зеленых с черными стволами елей, и вдоль нижнего края - зеленую полосу в 1/5 полотнища, при этом ели отчасти расположены на фоне полосы и как бы вырастают из неё.

Обоснование символики: 
Флаг разработан на основе герба Ельнинского городского поселения, основой которого является исторический герб города Ельня Смоленского наместничества, Высочайше утвержденный 10 октября 1780 года (по старому стилю), подлинное описание которого гласит: 
"Въ верхней части щита гербъ Смоленскiй: въ серебряномъ пол?, черная пушка, на золотомъ лафет?, а на пушк? райская птица. Въ нижней - три дерева ели въ б?ломъ пол?, означающiя имя сего города". 
Восстановление исторического герба города для современного Ельнинского городского поселения подчеркивает историческую, культурную и геральдическую преемственность, неразрывную связь многих поколений жителей города; показывает внимательное отношение ельнинцев к своему наследию. 
28 июля 1981 года город Ельня был награжден орденом Отечественной войны I степени. В Указе Президиума Верховного Совета СССР говорилось, что этой награды город удостоен "за мужество и стойкость, проявленные защитниками города в годы Великой Отечественной войны, активное участие трудящихся в партизанском движении и успехи, достигнутые в хозяйственном и культурном строительстве". Орденская лента, которая может крепиться к древку флага, подчеркивает значительные заслуги города. 
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. 
Зеленый цвет - символ природы, здоровья, молодости, развития. 
Черный цвет - символ плодородия, скромности, мудрости.