Флаг города Енисейск Красноярского края представляет собой прямоугольное двустороннее зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3 и голубой полосой внизу в 1/4 высоты, с изображением фигур городского герба.

Обоснование символики: 
 За основу флага взят современный герб города Енисейска, составленный на основе исторического герба, встречающийся на печатях XVII века. 
Голубая оконечность показывает реку Енисей, на берегах которой расположен город, носящий ее имя. Голубой цвет в геральдике - символ чести, славы, преданности, истины, красоты, добродетели и чистого неба. 
Зеленый цвет поля символизирует богатую сибирскую природу, плотно окружающую город. Зеленый цвет также символ здоровья.