30 мая 1997 года 15-я сессия горсовета Евпатории приняла решение "О городской символике". Флаг города представляет собой полотнище квадратной формы, состоящее из трёх горизонтальных полос: зелёной, жёлтой и красной. Зелёная и красная полосы составляют по 1/6 части ширины полотнища. Как легко догадаться, соотношение ширины полос заимствовано с флага Автономной Республики Крым. В центре средней полосы изображен герб города Евпатории.

Размеры эталонного образца флага: длина - 100 см, ширина - 100 см, высота древка - 2500 см, диаметр древка - 5 см. Древко оснащено навершием в виде золотого шара.

Основной элемент флага - герб: щит, рассечённый зеленью и червленью. В первом поле золотая баранья голова, во втором чёрная змея, обвивающая серебряный жезл и пьющая из черной чаши. Это исторический герб города (лишь подтверждённый в 1997 году). Баранья голова символизирует "удобство Тарханского кута к разведению овец", змея, пьющая из чаши - эмблема медицины, а в более узком смысле - символ лечебных грязей Евпатории и её курортов.