Флаг города Горно-Алтайск республики Алтай являл собой прямоугольное полотно, пересеченное четырьмя поперечными полосками: чередование сверху белой, затем голубой. Средние полоски более узкие шли в таком же порядке. Так горный Алтай получил свой государственный знак. Эти расцветки говорят о том, что Алтайская земля стала частью Российской Федерации. Голубой цвет являет собой символику чистейшего цвета гор, озерных глубин, небес алтайского края. Белые полоски олицетворяют собой любовь, вечное возрождение, искренность, мирное сосуществование народностей, проживающих на этой благодатной земле.