Флаг города Губкин Белгородской области представляет собой полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее в центре изображение фигур герба города Губкина и Губкинского района. По бокам две голубые полосы в 1/6 ширины флага.
Символика флага:
Флаг разработан на основании современного герба города Губкина и Губкинского района. В герб положена идея стилизованного изображения главной отличительной особенности местности - магнитной аномалии и основной отрасли промышленного производства - добычи и переработки железистых кварцитов, а также развитое агропромышленное производство на землях Губкинского района. В герб города Губкина вошла символика главного предприятия города - Лебединского горно-обогатительного комбината, на эмблеме которого в центре расположен равносторонний черный треугольник - геологический знак, обозначающий железо.
Красно-синий полукруг имеет двойной смысл. С одной стороны он символизирует магнит, а с другой стороны служит как бы контуром компаса.
Красно-белая стрелка, отклоненная от оси северного полюса земли, обозначает аномальные магнитные явления, связанные с наличием огромных залежей железной руды.
Золотой колос символизирует развитое агропромышленное производство на территории Губкинского района.
Таким образом, на гербе отражены главные особенности Губкинской территории и возникающие в связи с этим ассоциации: "железо" - "магнит" - "аномалия" - "сельское хозяйство".
Две синие полосы по краям флага показывают, что муниципальное образование "Город Губкин и Губкинский район" расположено в Белгородской области, основной цвет символики которой синий.
Красный (червленый) цвет - символ мужества, самоотверженности, героизма, справедливой борьбы и жизни.
Лазоревый (синий, голубой) цвет в геральдике - символ чести, славы, преданности, истины, красоты, добродетели и чистого неба.
Зеленый цвет герба символизирует природу района. Зеленый цвет также символ здоровья.
Золото (желтый) в геральдике - символ высшей ценности, величия, прочности, силы, великодушия.
Серебро (белый) в геральдике - символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества.