Флаг города Кириллов Вологодской области представляет собой прямоугольное полотнище из двух равновеликих горизонтальных полос: верхней - белого, нижней - зеленого цвета. В центре полотнища изображено железное на цепи клепало на деревянном треножнике. Непосредственно под железным на цепи клепалом на деревянном треножнике изображены два железных молота с деревянными древками накрест, перевернутые деревянными древками вверх к изображению железного на цепи клепала на деревянном треножнике. Символика, изображенная на флаге Кирилловского муниципального района, частично воспроизводит символику полной версии герба Кирилловского муниципального района и полностью - его упрощенную версию. Отношение ширины флага к его длине - 2:3.