Флаг города Костомукша республики Карелия представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины флага к длине - 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования «Костомукшский городской округ» в зеленом, белом и желтом цветах.
Обоснование символики:
Герб муниципального образования «Костомукшский городской округ» создан на основе ранее используемой официальной символики города Костомукши.
Две золотые отвлеченные длани (руки по запястье) в стропило, поддерживающие положенную поверх них серебряную рудоискательскую лозу, проросшую в середине серебряным листом вверх, сопровождаемые вверху золотым камнем символизируют богатства недр. На территории муниципального образования имеются запасы полезных ископаемых: талько - хлоритового (карбонатного) камня, гранита, железной руды. Своим ростом и развитием в 1970-1980-е годы из старинной карельской деревни сначала (в 1977 году - в поселок городского типа), а затем, с 25 апреля 1983 г.- в город, Костомукша обязана расположенному здесь крупному железнорудному месторождению и построенного в сотрудничестве с Финляндией горно-обогатительному комбинату. Месторождение было открыто в 1946 году в 13-15 км. от Костомукши. Решение о проектировании здесь комбината принято в 1967 году, а в октябре 1973 года был подписан советско-финляндский протокол о строительстве Костомукшского горно-обогатительного комбината (ГОКа). В 1975 г. начато освоение месторождения. В 1977 г. заключено соглашение о сотрудничестве СССР и Финляндской Республики в строительстве Костомукшского ГОКа, в 1978 г. приступили к строительству. В 1982 году введена в эксплуатацию первая очередь предприятия, в 1983-1984 гг.- 2-я и 3-я. Костомукшский горно-обогатительный комбинат в те годы превратился в крупнейшее на Северо - Западе России специализированное предприятие по добыче и переработке железистых кварцитов.
Серебряная ельчатая глава символизирует лесные богатства края. Лесом покрыты более 60 % территории муниципального образования. В 1983 году был основан Костомукшский заповедник, площадью 47,5 т. га. для охраны уникальных природных комплексов Карелии, а также изучения антропогенного воздействия зоны Костомукшского горно-обогатительного комбината. В составе фауны заповедника редкие виды: беркут, орлан - белохвост, скопа, сапсан.
Зелень (зеленый)- символ радости, жизни, возрождения природы каждую весну.
Серебро - чистота помыслов, правдивость, невинность, благородство, откровенность, непорочность, надежда. Серебро - символический цвет вод расположенных в северной юго-западной и южной частях территории Костомукшского городского округа крупных озерно-речных систем: р. Вуокиеки - оз. Суднозеро- западная часть оз. Верхнее Куйто, оз. Каменное- р. Каменная, системы озер Лувозеро- Волгозеро- Кимасозеро- Нюк.
Золото - могущество, сила, постоянство, знатность, справедливость, верность, солнечный свет.