Флаг Краснокаменска представляет собой прямоугольное полотнище разделенное на три горизонтально расположенные, одинаковыми по высоте полосами голубого(символизирующего прозрачное, ясное небо и реку Аргунь), желтого(деятельность района в производстве зерна) и зеленого(плодородная аргунская степь, государственная граница) цветов. В центре флага изображен герб города.
Слово Краснокаменск обозначает название города, районного центра. Зеленый цвет символизирует расположение района на государственной границе, плодородную приаргунскую степь. Желтый цвет — основное направление деятельности сельского хозяйства района — производства зерна. Солнце символизирует солнечное Забайкалье и плодородие. Голубой цвет — прозрачное, ясное небо и реку Аргунь. Красный цвет символизирует деятельность градообразующего предприятия ОАО ППГХО — добычу урановой руды. 1968 год — год образования города. Знак атома символизирует принадлежность градообразующего предприятия к атомной промышленности.