Флаг города Купино Новосибирской области представляет собой прямоугольное полотнище, состоящее из трёх разновеликих горизонтальных полос синего, жёлтого и зелёного цветов, с изображением двух сообращённых белых лебедей и между жёлтым опрокинутым клином, опускаемым до середины флага. На жёлтом клине изображена Купина в соответствии с гербовым изображением.  Отношение ширины флага к его длине 2:3
Обоснование символики:
Белые лебеди в синем поле указывают на природные особенности города Купино, основанного на берегу озёр Моховое, Галютиха и Садовое, в которых проживают лебеди, ставшие символом чистоты, верности и семейных ценностей. Зелёная и жёлтая полосы символизируют Моховое озеро — место основания города.
Символ Купино — огненный крест — создаёт гласность флагу города Купино, основанного в день церковного праздника Неопалимой Купины, данная фигура также используется и на флаге Купинского района, что указывает на связь двух муниципальных образований.