Флаг Мезенcкого района Архангельской области представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: белого (вверху, шириной 4/5 ширины полотнища) и зелёного цветов; в центре белой полосы — идущая по краю зелёной полосы к древку лисица красного цвета с низом морды, грудью и брюхом белого цвета, носом, глазами и кончиком хвоста чёрного цвета.
Обоснование символики:
Флаг разработан на основе герба муниципального образования «Мезенский муниципальный район», прошедшего экспертизу в Геральдическом совете при Президенте Российской Федерации, и отражающего исторические, культурные и экономические особенности Мезенского района.
Червленая лисица с белым брюхом и грудью в белом поле на зелёной земле символизирует северный город и отражает историю района, связанную с промыслом и торгом пушного зверя.
Зелёный цвет — символ природы, изобилия, жизни и возрождения.
Белый цвет (серебро) — символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира, взаимного сотрудничества.