Флаг города Нея Костромской области представляет собой прямоугольное полотнище, разделенное по вертикали на две равные части - белую и голубую; поверх линии деления изображена ель, снаружи вдоль края обрамленная изогнутой полосой, повторяющей её очертания; в белой части ель зеленого цвета, а полоса голубого, в голубой части - ель желтая, а полоса белая.
Обоснование символики:
До IX столетия на территории современного района жили племена Меря, на языке которых "неия" означает "переплетенная, извилистая река", а при заселении земель славянами название сохранилось. Геральдическая фигура - волнистое стропило, указывает на название реки, давшей имя городу и району. Ель в гербе (и флаге) символизирует лесопильную и деревообрабатывающую промышленность, которая стала быстро развиваться в Нее после открытия Волго-Вятской железной дороги в начале XX века.
Геральдический прием - рассечение щита в гербе города Неи и Нейского района многозначно:
- символизирует линию железной дороги - город Нея возник на базе железнодорожной станции;
- указывает на то, что район находится в центре области
; - показывает связь реки и деревообрабатывающей промышленности - лесопильные заводы обычно располагались по берегу рек. Также взаимосвязь реки и промышленности подчеркивается повторением очертаний стропила, символизирующего реку, и ели.
Серебро в геральдике символизирует совершенство, благородство, мир и взаимопонимание,
Золото в геральдике - символ уважения, постоянства, богатства, интеллекта.
Зеленый цвет символизирует природу, надежду, возрождение, здоровье.
Лазурь (синий, голубой) - символ чести, искренности, верности, чистого неба и водных просторов.