Флаг города Никольск Вологодской области представляет собой зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур герба района и вдоль узких сторон - алые полосы, каждая в 1/6 флага.
Обоснование символики:
Флага разработан на основании современного герба Никольского района взятого из исторического герба города, утвержденного 2 октября 1781 года, подлинное описание которого гласит: "В первой части щита герб Вологодский. Во второй части суслон, сложенный из ржаных снопов в зеленом поле, изъявляющий изобилие сего края". Алые полосы по краям флага показывают то, что Никольский муниципальный район расположен в Вологодской области, основной цвет символики которой красный.