Флаг района Онега Архангельской области представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из пяти горизонтальных полос, разделенных волнистыми линиями: зеленой, белой, голубой, белой и голубой (габаритная ширина крайних полос: верхней – 1/5, нижней – 2/3 ширины полотнища; ширина каждой узкой полосы – 1/20 ширины полотнища.

Обоснование символики: 
Изображенная в гербе Онежского муниципального района сёмга указывает на то, что промысел сёмги занимал важное место в экономике района, и подчеркивает непрерывную связь многих поколений онежан. Волнистые серебряные пояса и голубое поле символизируют важность водных ресурсов – реки Онеги и Белого моря в жизни района. Зеленый цвет – символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста аллегорически показывает лесные массивы, расположенные на территории района и ставшие основой лесной и деревообрабатывающей отраслей промышленности. 
Серебро – символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. 
Голубой цвет – символ чести, благородства, духовности; бескрайнего неба и водных просторов.