Флаг города Приморско-Ахтарск Краснодарского края представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух равновеликих вертикальных полос: голубой и зеленой. Поверх полос изображен малиновый равнобедренный треугольник с основанием, отстоящим от нижнего края на 1/9 ширины полотнища и с вершиной, достигающей верхнего края; на полотнище изображены фигуры герба городского поселения: под треугольником - два колоса, на малиновой части - казак на коне из герба района, на голубой выше треугольника - осетр и на зеленой выше треугольника - утка. Фигуры выполнены белым, желтым, красным, черным, телесным и голубым цветами.

Обоснование символики: 
Флаг разработан на основе герба городского поселения. 
Все фигуры символизируют благоприятные природные и климатические условия города Приморско-Ахтарска для жизни населения, а желтая (золотая) стерлядь, утка и колосья показывают Приморско-Ахтарск как центр сельскохозяйственного района с развитой пищевкусовой промышленностью. 
Казак на белом (серебряном) коне символически отражает Приморско-Ахтарск как бывшую казачью станицу Приморско-Ахтарскую, преобразованную в 1949 году в город. 
Малиновый цвет (пурпур) - символ достоинства, цвет кубанского казачества. 
Желтый цвет (золото) - символ прочности, богатства, величия, интеллекта и прозрения. 
Синий цвет аллегорически показывает географическое расположение города Приморско-Ахтарска: это одновременно морской порт и климатическая курортная местность на берегу Азовского моря. 
Синий цвет - цвет ясного неба и моря, представляет высоту и глубину, постоянство и преданность, правосудие и совершенство. 
Зеленая часть дополняет символику флага и отражает богатую природу, окружающую город. 
Зеленый цвет означает процветание, стабильность. 
Красный цвет символизирует, жизнеутверждающую силу, мужество, праздник, красоту. 
Белый цвет (серебро) - символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира, взаимопонимания. 
Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, покой.