Флаг города(района) Пустошка Псковской области представляет собой прямоугольное зелёное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее фигуры герба: две жёлтые полосы в 1/15 ширины полотнища каждая: одна отстоит от нижнего края на 2/15 ширины полотнища, а вторая нисходит от древка к нижнему краю, пространство между полос и под ними заполнено синим; над перекрестьем полос изображён красным, серым и чёрным цветом аист, стоящий на одной ноге на перекрестье.

Обоснование символики флага . 
Флаг района разработан с учётом его герба, основой которого, его фундаментом стало географическое расположение районного центра - города Пустошка, который находится напересечении транспортных магистралей: Москва-Рига и Санкт-Петербург - Киев. 
Зелёный цвет показывает леса, поля и сельскохозяйственные угодья района. Зелёный цвет - также символ плодородия, надежды и здоровья. 
Синий цвет отражает многочисленные озера, находящиеся на территории района. Синий цвет - символ чистоты неба, красоты и добродетели. 
Аисты, гнездящиеся в этих местах, являются символом города. Аист символизирует мир, почтительность к родителям и чистоту природы. 
Белый цвет (серебро) в геральдике - символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира, сотрудничества. 
Жёлтый цвет (золото) - символ прочности, величия, богатства, интеллекта, великодушия. 
Красный цвет - символ праздника, красоты, радости. 
Черный цвет в геральдике символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность и вечность бытия.