Флаг города Сегежа республики Карелия представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины флага к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования «Сегежское городское поселении» в зеленом, белом, красном и желтом цветах.

Обоснование символики: 
Серебряная сосна - символизирует природу и сырье для местного производства. 
Ее серебряные корни - символ продукции - листов бумаги Строительство ЦБК послужило первопричиной появления нового города – Сегежи. 
Дважды вогнутая оконечность, напоминающая волны реки Сегежи. 
Золотой равноконечный вырубной крест, просеченный ромбом, - солярный знак, характерный для традиционного финно-угорского искусства. Вырубной крест - символ путеводной звезды, выражение надежд на счастье и процветание в будущем. Философское олицетворение этих высоких устремлений в «Калевале» - Сампо – «счастья вечного начало». 
Золотая статусная корона символизирует ранг муниципального образования, как городского поселения. Концепция ранговых муниципальных корон утверждена на заседании Геральдического совета при Президенте Российской Федерации 24 марта 2005 года. 
Зелень - символ радости, жизни, возрождения природы каждую весну. 
Чевлень (красный) - символ труда, жизнеутверждающей силы, мужества, праздника, солнца. 
Золото - символ величия, постоянства, прочности, богатства, солнечного света. 
Серебро - чистота помыслов, искренность, правдивость, невинность, благородство, откровенность, непорочность, надежда. Символ севера, красоты северной природы, Приполярья.