Флаг города Сельцо Брянская области представляет собой бордовое полотнище в центре которого помещён герб города.

Описание герба:

На голубом фоне, так как город расположен на реке Десне, начертано название города Сельцо. Изображённая на красном фоне пушка означает подчинённость города Сельцо Брянской области с центром в городе Брянске, основой промышленности которого было оружейное дело. На зелёном фоне, так как город окружает лес, изображены: — символ Брянского химического завода, который внес основной вклад в развитие города, — шестерня, внутри которой помещён силуэт завода; — реактивный снаряд указывает на профиль завода, выпускающий в годы войны и в послевоенное время этот вид боеприпасов; — ель, означающая, что вокруг города Сельцо преобладает хвойный лес; — росток и голубые волнистые линии на общем фоне, означающие наличие в городе целебного источника минеральной питьевой воды. Верхнюю часть герба от основной отделяют полоски, соответствующие цветам Российского флага.