Флаг города Среднеколымск республики Якутия представляет собой прямоугольное двустороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3; полотнище разделено на две горизонтальные полосы - белую и зелёную, соотносящиеся по ширине как 4:1 соответственно. Зелёная полоса по нижнему краю полотнища равномерно разделена пятью чешуйчато изогнутыми чередующимися поясами белого и голубого цвета, соотносящиеся как 1:1:4:2:1 соответственно. На белой полосе в центре изображение мамонта, а в верхнем углу свободного края полотнища красное изображение солнца из композиции городского герба.
Обоснование символики: Флаг города Среднеколымска составлен на основании герба города Среднеколымска. Город Среднеколымск основан в 1643 (1644) году казаками как острог, названный Ярманка. В 1775 году переименован в город Среднеколымск по названию реки Колымы, которая изображена на гербе серебряным поясом с голубыми каймами. Голубой цвет в геральдике - символ красоты, чести, славы, преданности, истины, добродетели и чистого неба. Серебро - символ чистоты, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества. Зеленая полоса полотнища флага показывает природу вокруг города, расположенного на Колымской низменности, в зоне распространения многолетних мерзлых пород показанных серебряным (снежным) цветом, где сделаны наиболее значительные находки останков мамонтов. Солнце отражает красоту северной природы. Красный цвет символ мужества, красоты и жизни.