Флаг города Великий Устюг Вологодской области повторяет исторический герб города: в зеленом поле на берегу сидящий Нептун, держащий в руках кувшины, из которых выливается вода.

Эта композиция появилась на знаменах армейских полков, расквартированных в Великом Устюге, в XVIII веке. Она символизирует слияние рек Юга и Сухоны с образованием реки Северная Двина.