Флаг города Вилюйск республики Якутия представляет собой голубое полотнище в центре которого изображен бегущий белый олень.

Флаг разработан на основе герба города Вилюйска, где языком геральдических символов гармонично отражены история становления города и природные особенности окрестностей города.

Изображение в флаге бегущего оленя в знак того, что в округе города, великое множество сих зверей.

Белый цвет - символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества.

Голубой цвет в геральдике - символ чести, славы, преданности, истины, красоты, добродетели и чистого неба.