Флаг города Вытегра Вологодской области представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3. Полотнище флага в цвет гербового поля (желтый). В центре полотнища располагается изображение герба города Вытегра (корма галиота с распущенным купеческим флагом) увенчанное городской короной. Так же, как она расположена на щите (без обозначения контура щита вокруг фигуры и вольной части с гербом области).

Обоснование символики: 
Символика герба города Вытегра носит исторические основы городского герба, утвержденного 16 августа 1781 года. Золотой фон гербового щита - символ богатства и процветания города. Корма галиота являлась символом того, что в городе Вытегра строились эти суда и затем продавались. Так же, это символ водных путей сообщения. Распущенный Российский купеческий (коммерческий) флаг - символ того, что город Вытегра является торговым городом.
Городская корона символ муниципального города.