Флаг города Заозёрный Красноярского края представляет собой полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, составленное тремя горизонтальными полосами голубого, желтого, красного цветов, имеющими ширину 1/3, 1/3 и 1/3 соответственно. По центру желтой полосы помещено изображение герба муниципального образования город Заозерный – «В лазоревом поле, червлёное опрокинутое остриё с вписанным серебряным свободным остриём; поверх всего чёрные лопата и кирка накрест, поверх которых три золотые головки колоса». По центру красной полосы белыми буквами нанесено название муниципального образования. Оборотная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую сторону". 
Первые упоминания о поселении охотников эвенков и кыргызов у озёр, на месте будущего города, относятся к середине XVII века. В 1694 году местным населением были обнаружены соляные ключи, и в том же году открыта соляная варница. Основной целью основания посёлка явилась возможность добычи здесь слюды для окон церквей и монастырей, тобольских и московских палат. Во флаге муниципального образования город Заозерный название нашло отражение в голубой полосе в верхней части флага, которая указывает на большое количество водоемов на территории.
Голубой цвет в геральдике символизирует цвет ясного неба, символизирует постоянство и преданность, правосудие и совершенство.
Красный цвет – символ красоты, мягкости и величия.
Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, совершенства, искренности и взаимопонимания.