Флаг города Заречный Пензенской области представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3. В поле, рассеченном лазурью (синим, голубым) и зеленью зауженный обремененный пониженным бруском в пояс столб и окруженный двумя вытянутыми цикламорами в левую и правую перевязи с безантами поверх правого слева и поверх левого справа; все фигуры золотые".
Флаг города разработан на основе его герба. Основная фигура флага Заречного - два вытянутых цикламора накрест символизируют атомные орбиты, указывающие на градообразующее предприятие, крупнейшее промышленное предприятие Министерства атомной промышленности России - ФГУП ПО "Старт".
Зауженный обремененный пониженным бруском в пояс столб контурно повторяет силуэт городского обелиска Победы, который был использован в старой эмблеме. Тем самым сохраняется преемственность символики.
Зауженный обремененный пониженным бруском в пояс столб одновременно напоминает меч - рукоятку, эфес и лезвие, уходящее ввысь.
Меч - символ защиты и справедливости, воплощает отвагу, твердость духа, героизм, мужество и доблесть горожан, а так же аллегорически говорит о роли предприятия и самого города в деле обороноспособности страны. 
Золото - символ прочности, богатства, интеллекта, справедливости, уважения. 
Рассечение поля на лазурь и зелень аллегорично показывает удобное географическое положение города недалеко от областного центра - города Пензы, на Восточно-Европейской (Русской) равнине, благоприятное сочетание природных условий для здоровья людей - равнинный рельеф, умеренно жаркое лето, умеренно холодная зима, низкая заболоченность, сравнительно высокая лесистость. 
Лазурь - символ верности, безупречности, чести, добродетели.