Флаг города Зеленогорск Красноярского края представляет собой прямоугольное синее полотнище с соотношением сторон 2:3, несущее вдоль нижнего края красную волнистую полосу в 1/6 ширины, отделенную узкой желтой волнистой полосой в 1/40 ширины полотнища, и в крыже - желтые фигуры из герба города: три веерообразно расходящихся луча и знак атома в виде трех переплетенных нитевидных вытянутых колец, окружающих круг.