Флаг района Братеево представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3. Полотнище флага состоит из двух горизонтальных полос: верхней красной и голубой. В центре красной полосы помещено изображение белой братины с черным орнаментом. В центре голубой полосы помещено изображение двух белых рыб, обращенных навстречу друг другу.
Серебряная братина в красном поле символизирует название муниципального образования. Братина - старинный древнерусский сосуд, из которого на братских пирах (на всю братию) пили воду, квас, бражку, медовуху. Названию сосуда послужило его применение, оно было достаточно емким: в сосуд наливалось вино, пиво и т.д., которые пили, передавая по кругу, то есть как братья, одна семья. Братина имеет шаровидную форму, изготавливалась из дерева, меди, серебра, золота. Братина является символом братства, дружбы, доверия и сплоченности. Серебряные рыбы символизируют нахождение Братеево на месте слияния рек, когда-то вливавшихся в Москву-реку, и указывают на занятие прежних жителей данной территории рыбным промыслом.
Братеево как микрорайон Москвы существует с 1982 года. Массовое освоение семисот гектаров земель Братеева началось тогда же - в период, когда строительство пятиэтажек уже было прекращено. И красуются сегодня в Братееве многоэтажные корпуса.
В этих местах были древние поселения: здесь обнаружены многочисленные «языческие» курганы. В XVII веке на Братеевском холме и возле него располагалось село. Существует предание, что во времена Екатерины II, после опустошившей эти места чумы, остались в живых только два брата; отсюда и пошло название села - «Братеево».
Здесь были плодородные угодья, целебные источники, всё утопало в садах. В Москве-реке и Город- не, между которыми расположено Братеево, в изобилии водилась рыба, которую крестьяне возили в столицу подводами. Через Москву-реку ходил паром. После реформы 1861 года село Братеево вошло в состав Царицынской волости. Основным занятием его жителей оставалось садоводство - фруктовые сады имели все без исключения. Крестьянские дети обучались в Борисовском земском училище. Среди крестьян Братеева всегда было много грамотных.
Относительный упадок садоводства на южных окраинах Москвы отмечен в конце XIX века: подвоз фруктов и ягод с Юга в товарных вагонах по железной дороге создал жестокую конкуренцию местным садоводам. Но это мало коснулось Братеева. Сады здесь не вырубали, как в других местах, но дополнительно к садоводству стали засаживать обширные заводи овощными культурами - картофелем, капустой, огурцами, свёклой, редькой... В садах главной культурой стала малина.
В 1930-е годы в Братееве был организован колхоз «Путь Ильича». В 1950 году все местные колхозы объединились, получив имя Ленина. Братеево претендовало на то, чтобы стать колхозным центром, однако им сделали село Борисово. На доходы колхоза имени Ленина был построен Дом культуры. В 1960 году территория Братеева вошла в состав Москвы.
В 1980-е годы сельские дома полностью снесли. Строительство жилых домов городского типа сопровождалось социальным благоустройством. Сейчас здесь достаточное количество школ и детских садиков, школа искусств, городской центр «Дети улицы». Любимые места отдыха братеевцев - Москва- река, Борисовские пруды, речка Городня.