Флаг Москворечье-Сабурово представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3. Полотнище состоит из верхней белой полосы с нижним волнистым краем, в остальной части вертикально разделено на две равновеликие части: прилегающую к древку красную и зеленую. В красной части полотнища параллельно древку помещено изображение желтого копья острием вверх и желтой стрелы острием вниз. В зеленой части полотнища помещено изображение желтой яблони.
   Серебряная волнистая глава символизирует водные пространства Москвы-реки, Царицынских и Борисовских прудов, окружающих Москворечье-Сабурово с трех сторон. Стрела и копье - атрибуты герба известного рода Сабуровых, основавшего в 1571 году село Сабурово. Название села сохранилось в современном названии муниципального образования. Красное поле символизирует прошлое местности как части первой из подмосковных царских дачных резиденций (в составе дворцового Коломенского хозяйства). Золотая яблоня на зеленом поле символизирует зарождение на территории Москворечье-Сабурово, в приселках пустоши Беляевой и Черногрязной, российского садоводства и огородничества, начавшегося с выращивания царскими людьми для царского стола овощей, ягод и фруктов. Посаженные в XVI-XVII веках яблоневые и вишневые сады процветали вплоть до 30-х годов XX века.
   Район Москворечье-Сабурово на большом рассто­янии граничит с водными пространствами - с Москвой-рекой, с Борисовским и Царицынским прудами. Такое расположение и близость парка-запо­ведника «Царицыно» создают благоприятную эколо­гическую среду.
   Начиналось обустройство этих земель в XIII веке, с села Коломенского. Существует версия, что осно­вали это село выходцы из города Коломны: спасаясь от татаро-монгольских орд, они дошли почти до са­мой Москвы и поселились здесь, на правом, высо­ком берегу реки Москвы. Правда, бытует и другая версия - что название идет от множества холмов, курганов, покрывавших эту местность и называв­шихся в древности «коломиши».
   Старинное село Коломенское знаменито своими архитектурными памятниками. На базе историко-ар- хитектурного ансамбля в 1923 году был основан пер­вый в нашей стране музей под открытым небом «Ко­ломенское».
   Со времен князя Московского (с 1325 г.) и вели­кого князя Владимирского (с 1328 г.) Ивана Дани­ловича Калиты в этой местности строились летние резиденции московских, затем российских госуда­рей. Деревни Беляево, Сабурово и Дьяковское, рас­положенные между сёлами Коломенское и Царицы­но, превратились со временем в городские поселки Москворечье и Сабурово, а сейчас составили единое целое. «Москворечье» возникло на территории райо­на как название станции железной дороги Курского направления в 1865 году. Находившийся рядом со станцией поселок Сабурово получил такое название по первому владельцу (с 1570 г.) - Б.Ю.Сабурову. При нем было начато строительство усадьбы и церк­ви Николая Чудотворца.
   Петр I передал все земли Коломенского дворцово­го хозяйства своему сподвижнику - Д.К.Кантемиру, выходцу из Молдавии, отцу поэта Антиоха Кантеми­ра. При Кантемирах были созданы красивейшие пар­ки, разведены вишневые и яблоневые сады. Имя этих владельцев сохранилось в названии Кантемировской улицы.
   В советский период на территории района Москво­речье-Сабурово были построены семь научно-иссле­довательских институтов, среди них - широко извес­тный Московский инженерно-физический институт (МИФИ).