Флаг района Северный представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3. Голубое полотнище диагонально разделено из нижнего угла, прилегающего к древку, тремя полосами - белой, зеленой и белой. В прилегающей к древку части полотнища помещено изображение белого стилизованного созвездия Малой Медведицы из семи восьмиконечных звезд, при этом Полярная звезда обозначена увеличенной звездой. В нижнем, противоположном древку углу полотнища помещено примыкающее к нижнему и боковому краям полотнища изображение опрокинутого серебряного сосуда с вытекающей из него белой водой на желтой, мурованной красными швами, кирпичной кладке.

Зеленая перевязь флага района Северное, окантованная серебром, и голубое поле символизируют Клязьминское водохранилище и реку Клязьму, с зеленой санитарной зоной вокруг Северной водопроводной станции. Серебряное созвездие Малой Медведицы символизирует название муниципального образования, поскольку в созвездие входит Полярная звезда - символ Севера. Опрокинутый на кирпичной кладке серебряный сосуд с изливающейся из него серебряной водой символизирует искусственный источник воды - находящуюся на территории муниципального образования Северную водопроводную станцию.