Флаг района Щукино представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3.Полотнище флага состоит из двух горизонтальных полос, верхней, голубой, и желтой.В центре голубой полосы помещено изображение белой щуки.В центре желтой полосы помещено изображение знака атома черного круга, в окружении двух вытянутых черных колец.
   Знак атома на флаге района Щукино символизирует находящийся на территории муниципального образования Курчатовский институт и комплекс других крупных научно-исследовательских институтов. Щука в голубой главе щита символизирует древнее (XV-XVII вв.) село, а затем деревню Щукино. Деревня находилась на берегу Москвы-реки, в 1701 г. при ней числился пруд, богатый рыбой, и мельница на реке Химке. Древнее название деревни воплотилось в современном названии территории, а изображение щуки вошло в герб как гласный символ муниципального образования.
   Район Щукино занимает часть территории когда-то обширного Ходынского (Военного) поля, пе­реименованного после революции в «Ок­тябрьское поле». Название район получил по дерев­не Щукино, вошедшей в состав Москвы в 1947 году.
   Ровное пространство Ходынского поля, хорошее сообщение с Москвой сделали эту территорию удоб­ной строительной площадкой для массового жилищ­ного строительства. Застройка кварталов Щукина сложилась в 1950—1960-е годы. С 90-х годов разво­рачиваются работы по «волновому» переселению жителей пятиэтажек в современные дома.
   Село Щукино впервые упоминается в письменных документах 1441 года. На Москве-реке под селом был брод, через который шла дорога на Острогано (те­перь - Строгино) и Троицкое-Лыково. Это отрази­лось на планировке села: оно протянулось под углом к берегу Москвы-реки со стороны старой Волоколам­ской дороги, проходившей в то время по линии совре­менных улиц Маршала Василевского и Маршала Би­рюзова (названия улицам района в 1950—1960-е годы давались по именам советских военачальников).
   По обе стороны от старой Волоколамской дороги в старину располагались леса - Ходынская роща и Большая Всехсвятская роща. Постепенно леса эти сводились и на их месте размещались летние лагеря войск Московского гарнизона. Территория Ходын- ской рощи была отдана 1-й Гренадерской артиллерий­ской бригаде, а на опушке Всехсвятской рощи разме­стилось лагерное отделение Московского военного госпиталя для военных училищ. В начале XX века свободная территория, прилегавшая к рощам, стала застраиваться дачными домами, принадлежавшими в основном семьям офицеров.
   Существенно изменился вид окрестностей Щукина, и вся его жизнь в связи со строительством канала Москва—Волга. Близ Щукина создается уникальный транспортный узел, где можно наблюдать движение на трех уровнях: вверху - железная дорога, под которой находится шлюзовая камера канала; под каналом - автомобильный и трамвайный туннели; под ними, в трубах, протекают две речки (Химка и ее приток Чер­нушка), а ниже проходят туннели метрополитена.
   В 1943 году в Щукине была размещена Лаборато­рия измерительных приборов АН СССР (ЛИПАН), позднее переименованная в Институт атомной энер­гии. Руководил этим центром ядерных исследований выдающийся ученый, академик, лауреат Ленинской и Государственных премий Игорь Васильевич Кур­чатов (1903-1960). С 1960 года Институт атомной энергии носит его имя.