Флаг района Академический представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3. Полотнище флага района Академический состоит из верхней желтой полосы и двух равновеликих нижних частей: прилегающей к древку голубой и зеленой. В центре желтой полосы помещено изображение черного академического головного убора. В центре голубой части помещено изображение белой раковины доисторического моллюска (наутилуса) В центре зеленой части помещено изображение желтого жезла Меркурия.

Серебряная раковина доисторического моллюска (наутилуса) в голубом поле символизирует на флаге района Академический находящийся на территории муниципального образования Дарвиновский музей - крупнейший зоологический музей Москвы. Жезл Меркурия на флаге символизирует расположение на территории муниципального образования главного здания Сберегательного банка России. Черный академический головной убор в золотой главе символизирует ряд находящихся на территории муниципального образования научно-исследовательских институтов и иных научных учреждений, а также отражает название муниципального образования.