Флаг Мальты учрежден 22 декабря 1990 г.
Цвета флага Мальты принадлежали рыцарскому Мальтийскому ордену иоаннитов, который правил на острове до 1798 г. В апреле 1942 г. Георг 6 наградил жителей острова Георгиевским крестом за героизм, проявленный в эти суровые годы. В 1964 г. Георгиевский крест, окантованный красной полоской, помещен на белое поле мальтийского флага.